The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D: Princezna Zelda byla opět unesena! Zlý král zlodějů Ganondorf ji má ve své moci a tentokráte chce ovládnout celý svět Hyrule a jediný, kdo mu v tom dokáže zabránit je náš hrdina Link.

Ten jako jediný ze skřítků Kokiri nemá svou vlastní vílu, proto je k němu kouzelným stromem Deku Tree vyslána víla Navi, která mu musí pomoci zmařit plány zlého Ganondorfa. Toto dobrodružství provede hráče nejen skrze temné jeskyně a pitoreskní vesnice, ale i do srdce vulkánu, středu jezera, hluboko do kouzelného lesa nebo do břicha obří bestie, to vše ve 3D provedení.