Děj a prostředí je směskou japonských RPG s klasickou evropskou fantasy ve stylu Tolkiena - plno čarodějů, druidů, rytířů, paladinů, královen a králů, ogrů, zlobrů, vlků a vlkodlaků, trpaslíků, draků? všichni zobrazeni v relativně jemném anime zpracování. Příběh je epický a pokud se rozhodnete jej sledovat, i poměrně zajímavý. Nikdo vás samozřejmě nenutí a celkem pohodlně se obejdete i s přeskakováním veškerých dějových prvků. Na začátku si vyberete jednu ze čtyř postav, totiž druida, bojovníka, rytíře nebo čaroděje. Zatím vypadá všechno na klasické RPG, v rozdílech jsou citována rozdílná kouzla a afinita na všelijaké magické barvy. Postavička se objeví na rozlehlé mapě, cestujete mezi městy, jeskyněmi, vesničkami a panstvími, hovoříte s lidmi, posloucháte v hospodě nové drby, kupujete a prodáváte vybavení? a bojujete, chytáte monstra, získáváte runy nebo vynalézáte kouzla. Na tyto a další akce používá Puzzle Quest radikálně inovovanou verzi puzzle spoj-tři na kostičkovaném poli.