Jak jistě víte, v Half-Life se dostáváte do role vědce Gordona Freemana. Geniálního vědce a fyzika. Kvantová fyzika a relativita ho inspirovaly už od dětství a když se v patnácti rozhodoval co dál, výzkum byl pro něj jasná volba:-) V devadesátých letech odjel studovat do Německa do Innsbrucku a poté do M.I.T (Massachusetts Institute of Technology), kde pracoval na své doktorské práci. Poté přijímá lákavou nabídku pracovat v komplexu Black Mesa, kde se pod vedením Eli Vancem a Dr. Kleinerem zabývá analýzou krystalů a organismů z planety Xen. V této době Wallace Breen, administrátor komplexu, spouští rezonanční kaskádu vybráním specifického krystalu. Tento pokus probíhá v části komplexu zvané Anomalous Materials (Nezvyklé materiály). Gordon Freeman nasedá do vlaku a jede do této sekce. Příběh začíná…