Hluboko pod zemí vzdálené americké pouště experimentují vědci na tvorech neznámého původu. Vy jste Gordon Freeman, jeden z těch vědců a během rutinního dne v práci se něco velmi pokazí.Otevře se časová brána takže mimozemšťané mohou přejít do Vaší reality. Když získáte vědomí zařízení je v troskách, mimozemšťané jsou všude a aby toho nebylo málo, vláda posílá námořní pěchotu aby uklidili co zbylo,-včetně případných přeživších.