Cortex Strikes Back je pokračování úspěšné plošinovky ve které je postavou hráče Crash Bandicoot. Cílem hry je shromáždit 25 krystalů. Krystaly jsou rozptýleny mezi 25 různých úrovní, přístupných prostřednictvím „Warp Rooms“, což jsou oblasti hubu hry. Úroveň je dosažena sesbíráním krystalu a dokončení úrovně, poté se vrací Crashe do místnosti s výběrem úrovní. Každá místnost Warp obsahuje pět úrovní. Když je všech pět úrovní dokončeno, musí hráč porazit postavu šéfa, než získá přístup do další místnosti..

 Crash může vyskočit výše, než obvykle. Všechny jeho techniky lze použít jako útočná opatření proti většině nepřátel, kteří slouží k odrazení Crashova postupu. Na obrněné nepřátele nelze skočit, zatímco nepřátelé, kteří útočí zepředu nebo mají postranní hroty, můžou být zneškodněni ze skoku.