Pokračování Atelier Ryza 2 se odehrává tři roky po událostech z předchozí hry. Ryza se vydává do hlavního města království Ashra-am Baird, kde začíná nové dobrodružství. Také pozná velmi zajímavého tvora. V pokračování Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy zažijete nové možnosti, jako je například potápění pod vodou, používání rostlin pro šplhání nebo využívání magických lan k cestování. Do hry Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy byly přidány taktiky v reálném čase. Bitevní akce jsou nyní rychlejší a napínavější. Navíc můžete přepínat mezi jednotlivými postavami v průběhu boje a měnit dovednosti a předměty. Do hry byl přidán nový intuitivní systém Linkage Synthesis. Noví hráči se tak snadno naučí systému syntézy. Jednotlivé položky jsou umisťovány do speciálních buněk Material Loops. Zkušení hráči z nich mohou vytvářet jedinečné nové položky přizpůsobené jejich požadavkům.