Kolekce prvního a druhého dílu přináší příběh legendární hry od samotného začátku.

Děj hry se točí, okolo muže jménem Desmond Miles, ten byl zajat Templáři, které můžeme znát taky pod jménem Abstergo Industries, Desmond Miles byl pod nátlakem přinucen, připojit se k zařízení, s názvem Animus. Tento Animbus dovolil Desmondovi cestovat v čase, díky vzpomínkám jeho předků, v jedničce Assassin’s Creed vystupuje jako nájemný vrah Altair Ibn La´Ahad, v druhém díle jako Ital Ezio Auditore de Firenze, kde se snaží odhalit spojitost k bojům mezi Assassiny a Templáry, o lidskou mysl a svobodu.

Desmond Miles v této sérii prakticky spojuje minulost s budoucností. Hned v prvním díle dokázal najít bájný Piece of Eden, v češtině, Kousek Ráje, tedy toho biblického. Tím tak trochu odhalil, že bájný Ráj není, tak úplně rájem, jak si o něm všichni myslí, ale městem s obyvateli původní Země, které si pak lidstvo idealizovalo jako bohy.